Existem dois tratamentos clínicos para a infertilidade masculina: a fertilização in vitro e a técnica conhecida como ICSI. A fertilização é indicada para diversas causas de infertilidade, inclusive quando o homem apresenta alterações mais graves no sêmen que não puderam ser tratadas com medicamentos ou cirurgia. O processo é feito em laboratório, onde são coletados os óvulos e os espermatozoides. Os óvulos são então fecundados e formarão o embrião, que depois de três a cinco dias é transferido para o útero da mulher.

O segundo tratamento, a ICSI, é indicado para os homens que apresentam problemas como alta taxa de fragmentação de DNA do espermatozoide e o fator masculino grave. Nessa técnica, conhecida como injeção intracitoplasmática de espermatozoides morfologicamente selecionados, apenas um espermatozoide (aquele que apresenta melhor motilidade e é morfologicamente mais normal) é injetado dentro do óvulo, usando-se para isso uma agulha de máxima precisão.